Молодые годы
Джеймс Стюарт был незаконнорожденным сыном шотландского короля Якова V и Маргарет Эрскин, и, таким образом, приходился единокровным братом королеве Шотландии Марии Стюарт.
В период правления Марии де Гиз лорд Джеймс поддерживал политику королевы-матери, за что получил в своё распоряжение доходы с ряда шотландских и французских аббатств. Однако во второй половине 1550-х годов под влиянием проповедей Джона Нокса лорд Джеймс перешел в протестантство. Развитие Реформации в Шотландии открывало для него широкие возможности, поскольку его сестра, королева Мария Стюарт, была католичкой и находилась в то время во Франции. Поэтому практически с самого начала протестантской революции в 1559 году лорд Джеймс присоединился к восставшим. При поддержке английских войск революция завершилась в 1560 году победой протестантов. Джеймс Стюарт вошел в новое правительство, его влияние усилилось. Английский посол Уильям Сесил даже считал вероятным, что вскоре Джеймс сможет добиться шотландского престола. Однако большинство баронов Шотландии не поддерживали идею смены монарха. В 1561 году в Шотландию возвратилась королева Мария Стюарт.
Морей и Мария Стюарт
Первое время после возвращения на родину королева Мария, не будучи искушенной в хитросплетениях шотландской политики, возложила руководство королевской администрацией на своего брата Джеймса Стюарта и его сподвижника Уильяма Мейтланда, лидеров «умеренных протестантов» и последовательных сторонников сближения с Англией. Лорду Джеймсу удалось в 1561—1563 гг. добиться определенной стабилизации ситуации в Шотландии: радикальные протестанты (в том числе и Джон Нокс) были отстранены от процессов принятия государственных решений и их восстание в 1561 году было подавлено, а консерваторы во главе с графом Хантли были усмирены королевскими войсками (поход Джеймса Стюарта в северо-восточные регионы в 1563 году). В Шотландии начали осуществляться умеренные протестантские реформы, закладывалась основа новой церковной иерархии (акт 1562 года о порядке распределения церковных доходов между церковью и государством). В 1562 году королева передала своему брату графство Морей на севере страны.
Но неожиданный брак Марии Стюарт и лорда Дарнли, заключенный 29 июля 1565 года, разрушил хрупкое равновесие в стране. Этот союз означал крах политики сближения с Англией, проводимой Мореем и Мейтландом, и начало самостоятельного правления королевы. Джеймс Стюарт был вынужден уйти в отставку и стал планировать заговор против Марии. Поддержку заговору обещала Англия и ряд шотландских баронов (герцог де Шательро и граф Аргайл). В августе 1565 года Морей поднял восстание и обратился с призывом к протестантам страны о совместных действиях против королевы. Однако энергичные действия Марии Стюарт не позволили восстанию набрать мощь, королевская армия атаковала Морея, и он был вынужден бежать в Англию. Елизавета I обещанную помощь не прислала.
В Шотландию граф Морей смог вернуться лишь в 1566 году, после убийства Давида Риччо, когда королеве потребовалось дополнительная поддержка против радикальных протестантов. Джеймс Стюарт был помилован и вернулся в состав правительства. Тем временем усиливался антагонизм между королевой и её супругом, лордом Дарнли. Против последнего сложилось несколько заговоров, в результате которых он был убит 10 февраля 1567 года при обстоятельствах, бросающих тень подозрения на королеву Марию. Участие Морея в заговоре против Дарнли не подтверждается документально, хотя, по всей видимости, он знал о готовящемся преступлении, а возможно даже и ему способствовал, надеясь скомпрометировать Марию Стюарт. И действительно уже летом 1567 года, после нового брака королевы с графом Ботвеллом, против Марии Стюарт поднялось практически все шотландское дворянство. 24 июля 1567 года королева подписала отречение от престола в пользу своего сына, годовалого Якова VI, регентом при котором должен был стать граф Морей.