В 1526—1528 гг. Морей был активным участником движения шотландских баронов с целью освобождения короля Якова V, из-под власти графа Ангуса. В период самостоятельного правления Якова V Морей был фактически единственным крупным шотландским бароном, поддерживающим короля, своего единокровного брата: Яков V постепенно отстранил всю аристократию от участия в управлении и в широких масштабах прибегал к конфискациям земель. Джеймс Стюарт отвечал за поддержание порядка в северных регионах страны и неоднократно подавлял волнения горских кланов против центральной власти. В 1542 г., после смещения королем графа Хантли, Морей был назначен командующим королевской армией в войне с Англией. Однако эта война завершилась катастрофой при Солуэй-Моссе и смертью короля Якова V.
В период несовершеннолетия королевы Марии Стюарт Морей являлся членом регентского совета и был сторонником про-французской политики кардинала Битона.
