Выступал с осуждением протестантских воззрений и тенденций в Русской Церкви, насаждавшихся Петром I и Феофаном Прокоповичем.
Юность и обучение
Родился в 1658 году в городе Яворе в Галиции (ныне — Яворов Львовской области), в православной семье. После Андрусовского перемирия 1667 года, семья Яворских, желая остаться верной православию, переселяется в сельцо Красиловку близ Нежина. Грамоте Стефан выучился ещё в Галиции, а дальнейшее образование получил в Киево-Могилянской коллегии. Преподавание здесь велось на латинском языке, в духе строго схоластическом. В последние годы своего пребывания в коллегии Яворский мог воспользоваться лекциями по богословию и философии известного схоласта Иоасафа Кроковского и приобрёл покровителя в лице Варлаама Ясинского, позднее митрополита Киевского. В 1684 г. он написал в его честь панегирик: «Hercules post Atlantem, infracto virtutum robore honorarium pondus sustinens», где Геркулес — Ясинский, а Атлант — его предшественник Гизель. Панегирик написан на латинском языке, стихами и прозой, вперемежку с польскими стихами.
В 1684 году Симеон уехал из Киева. Чтобы получить доступ в католические школы, ему пришлось принять унию под именем Станислава Симона (в те времена такой поступок не был исключительным). Стефан побывал в высших католических школах: в Львове и Люблине он прослушал философию, в Познани и Вильне — богословие, усвоил все начала схоластической премудрости, искусно слагал стихи на латинском, польском и русском языках, писал великолепные панегирики (в честь Мазепы, позднее — Петру). Он вынес также из польских школ основательное знакомство с католическим богословием и враждебное отношение к протестантизму.
В 1687 году Стефан вернулся в Киев, принёс покаяние в своём отречении от православной церкви, был принят снова в её лоно и, по совету Варлаама Ясинского, в 1689 постригся в монахи. Несколько лет он преподавал в Киево-Могилянской коллегии и был её префектом: он читал риторику, пиитику, философию и богословие. Есть известие (в памфлете «Молоток на камень веры» и в письмах иерусалимского патриарха Досифея), что Стефан «весьма папежское учение в киевских учениях утвердил». В споре о времени пресуществления св. даров Я. не примкнул ни к великоруссам, ни к малоруссам, а держался среднего мнения.
Деятельность в качестве местоблюстителя патриаршего престола
В 1697 году он был назначен игуменом Свято-Никольского Пустынного монастыря. Он был ближайшим помощником киевского митрополита в его сношениях с московским правительством, неоднократно исполнял различные церковно-административные поручения и ездил в Москву. В январе 1700 г. митрополит, отправляя Я. с другим игуменом в Москву, послал с ними письмо патриарху, в котором просил учредить Переяславскую епархию и поставить в епископы одного из двух игуменов. В Москве случайное событие выдвинуло Стефана: умер воевода Алексей Семёнович Шеин, и на погребении его, в присутствии царя, проповедь поручили говорить Яворскому. Петру понравились и предика, и сам проповедник; он указал патриарху Адриану посвятить Стефана в архиереи какой-нибудь из великорусских епархий, «где прилично, не в дальнем расстоянии от Москвы». Стефан, тяготевший к Киеву, пытался отказаться от этой чести, но в апреле 1700 года был поставлен в митрополита Рязанского и Муромского. В том же году, после смерти Адриана, царь указал Стефану быть местоблюстителем патриаршего престола.