В 1995 году окончил юридический факультет Масарикова университета в Брно, где учился вместе со Зденеком Коуделкой. В 1996 году был впервые избран в Палату депутатов. 15 июля 2002 года стал министром финансов в правительстве Владимира Шпидлы, сохранил свой пост в кабинетах Станислава Гросса и Иржи Пароубека; ушёл в отставку после поражения ЧСДП на выборах 2006 года. Дважды — в 2003-04 и 2005-06 годах — был вице-премьером правительства. После отставки Станислава Гросса Соботка временно исполнял обязанности руководителя партии до партийных выборов (на них победил Пароубек). После неудачного выступления ЧСДП на парламентских выборах 2010 года и отставки Пароубека с поста председателя партии Соботка вновь стал исполняющим обязанности руководителя партии. Также Соботка возглавляет фракцию ЧСДП в Палате депутатов.
Женат, имеет двоих детей.
